La iglesia de Santiago sufrió con dureza las consecuencias de las desamortizaciones del siglo XIX, que mermaron el patrimonio del clero. El templo cambió tanto de rumbo que la espiritualidad que residía bajo sus muros se evaporó de la noche a la mañana mezclada con el olor de las armas y de la pólvora.
La revolución que trajo Mendizábal puso los templos de Santiago y de San Juan en manos del ramo de Guerra, que aprovechó la amplitud de sus naves y la fuerza de sus muros para convertirlos en almacenes inexpugnables. La parroquia, que era una de las que contaba con mayor número de feligreses en la ciudad, fue traslada a las dependencias del convento de las Claras, que habían quedado libres al haber sido desalojadas las monjas que lo habitaban.
Desaparecieron los crucifijos, las imágenes de los santos, las misas diarias y sus sermones, el olor a incienso y la figura del sacerdote fue sustituida por la del cabo furrier. Las naves laterales se emplearon como arsenal donde a lo largo de varias décadas estuvieron durmiendo el sueño de los justos los viejos fusiles inservibles de aquel ejército anticuado. Santiago fue almacén militar, pero un almacén vetusto con olor a pólvora mojada y al perfume rancio de la ropa usada.En la parte de la sacristía se habilitó una oficina y arriba, en el coro, un aposento para los soldados que se encargaban de vigilar el edificio.
El antiguo templo se fue quedando sin alma y su mal uso fue deteriorando sus piedras. La situación llegó a tal extremo que ante la insistencia de la Iglesia por recuperar su edificio, la reina regente, María Cristina de Habsburgo, dispuso, por real orden del 12 de junio de 1886, que se cambiara el uso que se le estaba dando al edificio. “El rey y en su nombre la reina regente del reino se ha servido conceder para iglesia castrense de la plaza de Almería el templo de Santiago, que actualmente está destinado como almacén de utensilios militares, no pudiendo tener efecto la concesión mientras no se facilite otro local conveniente en el que depositar los enseres que en él tiene la administración militar”, decía la orden.
La recuperación del templo para misas militares se quedó en papel mojado y durante siete años la iglesia de Santiago estuvo flotando en tierra de nadie, sin un uso cierto, esperando a que el ejército y los poderes del clero se pusieran de acuerdo. El edificio siguió sin apenas utilidad, sufriendo el desgaste del tiempo, hasta que en marzo de 1893 el entonces alcalde, don Francisco de Bustos Orozco, consiguió firmar un convenio con el ramo de Guerra para que le cediera al Ayuntamiento de Almería el antiguo templo de Santiago.
El propio alcalde y el ingeniero militar Pedro Vives, firmaron el documento en el que “el ramo de Guerra cede al Ayuntamiento de Almería en plena propiedad y para que libremente pueda disponer de él según convenga a sus intereses, el edificio conocido con el nombre de Santiago el Viejo. En compensación a esta cesión el Ayuntamiento se obliga a entregar al ramo la cantidad de ochenta mil pesetas y cuarenta mil más para los nuevos edificios militares que se erijan en el solar del cuartel de la Misericordia”, establecía dicho documento. El acuerdo se quedó solo en el papel y no llegó a hacerse realidad. La iglesia de Santiago siguió perteneciendo al ramo de Guerra hasta que por fin, en 1898, la autoridad militar aprobó su cesión al clero. Cuando los responsables de la Iglesia entraron por la puerta principal y vieron el estado en el que se encontraban las naves, volvieron a cerrar la cancela y se pusieron a trabajar para poner en marcha una junta gestora que se encargara de conseguir recursos para restaurar y habilitar para el culto el templo de Santiago.
Al frente de la junta se puso el cura don José Díaz Giménez, que contó con la colaboración de ilustres empresarios de la ciudad entre los que estaban José Batlles, Braulio Moreno, Juan de la Cruz Navarro, Juan Vivas Pérez y el comerciante Santiago Frías Lirola, que en su confitería ‘La Sevillana’ de la Puerta de Purchena habilitó la trastienda como lugar de reunión de los miembros de la junta. Las obras fueron costosas y se prolongaron durante un año. En julio de 1899 el templo volvió a abrirse al culto y la antigua hermandad de Nuestra Señora de los Dolores regresó con todos sus enseres, aunque para poder decorar la capilla que le habían asignado tuvo que recurrir a los donativos de sus fieles.
Durante años, los trabajos dentro del templo fueron continuos para ir devolviéndole a sus dependencias la presencia que había tenido antes de que fuera desamortizado. Entre las obras realizadas destacó el púlpito construido por el artista almeriense Trinidad Escoz Rueda. También hubo cambios en el exterior de la iglesia. En 1916 y por iniciativa del cura don Juan Escoz, se construyó una verja para el pórtico de la entrada, para la cual el Ayuntamiento le concedió los hierros que habían adornado la Glorieta de San Pedro.
El entorno de los pilares de la torre fue rodeado con aquella verja que formó parte de la puerta principal hasta los años de la Guerra Civil.
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